[Rolenarim]

1. На пользовательских машинах первый DNS основной КД или тот, что понизили ? Подключаются по IP или по Имени ? Попробуйте очистить DNS кэш на одной пользовательской машине и перезагрузить DNS сервер.
2. DNS сервер удаляли через удаление ролей в "управление данным сервером" ? Если нет, то записи могли остаться во всех ветках, проверяйте чтобы в них значился только основной КД. Также нужно указать основным DNS сервером основной КД и очистить DNS кэш (ipconfig /flushdns)
3. Те машины которые обращаются перезагружались или служба перезапускалась ? Что показывает комманда "net time /querysntp" на сервере и на пользовательской машине?
4. Да, можно вручную удалить. Если DCpromo завершился удачно, то там остался так называемый "мусор"

Специалисты по мелкософту есть на http://support.microsoft.com, а здесь опытные пользователи.