[gf100]

Все это отправляется в налоговые органы, банки... »

Банки:
Если используется часть функционала системы банк-клиент (что вероятнее всего), то эцп с правом подписи может иметь только сотрудник(и) , имеющий(ие) право подписывать реальные платежные документы. Т.е. директор или тот, у кого реально носитель с ключом.
Налоговая:
Подача документов осуществляется через операторов, имеющих соответствующие лицензии. Т.е. надо говорить с ними. Здесь возможен вариант выдачи ключа на сотрудника другой организации по доверенности.