Код:

mkdir "f:\3"
copy /Y "c:\updat\1\*" "f:\3\1\*"
copy /Y "c:\updat\2\*" "f:\3\2\*"
copy /Y "c:\updat\3\*" "f:\3\3\*"
pause
Так подойдет?
Код:

xcopy "c:\updat" "f:\3" /T /E
rm /s "f:\3\temp"
Или нужно скопировать только папки, без содержащихся в них файлов?