У вас ФС какая? NTFS по умолчанию оперирует кластерами по 4kВ. Сколько влезло при форматировании кластеров в отведенный вами размер тома, столько влезло. Указывайте размер точнее, кратным 4kB (точнее 2n*4kB).... Интересно, вот вы по поводу нескольких килобайт переживаете. Ничего, что Win7 по умолчанию смещает разделы на 1048576 байт (4096 стандартных 256 байтных секторов)? Это во сколько ж раз больше ваших нескольких килобайт? Непорядок.... Будем устранять? Или не станем ОС мешать работать?
