[DJ Mogarych]

VirtualDub не понимает анаморфного видео (да, вы правильно предположили), так что он в этой ситуации не годится.
Я захватывал такое видео в своё время с помощью Pinnacle Studio.

Пожалуй, в вашем случае надо попробовать захватывать стандартной программой, а потом открыть в Pinnacle Studio и посмотреть, будет ли видео 16:9. Если будет, то всё в порядке, можно монтировать.

К сожалению, VirtualDub не годится не только для захвата, но и для обработки такого видео. Можно, конечно, принудительно выставить параметры, чтобы пропорции кадра были нормальными. Но часть информации тогда потеряется, потому что будет обычный ресайз того, что способен увидеть VirtualDub, а увидит он не всё, а только 4:3.

Я, захватывая и монтируя своё видео с камеры MiniDV, отказался от чистки и обработки, ограничившись монтажом. И в общем, не очень жалею, получилось нормально. Некоторые шумы будут съедены кодированием в формат со сжатием, типа MPEG-2.