[takoff]

Большое спасибо, Iska, уже разобралась, просто сама не совсем правильно интерпретировала задание, все оказалось еще проще:
я заточила код на частную ситуацию, когда резервная копия файла, например Name1.txt называется Name1.txt.bak, а потом в аргумент функции FC включила модификатор, отрезающий расширение и использующий только имя файла Name1.txt
fc %1 %~n1>CompareResult.txt
%1- это Name1.txt
%~n1- это Name1.txt.bak
CompareResult.txt- файл с результатом