[vadblm]

У меня физически три винчестера: два SATA и один IDE. Два SATA диска объединены в RAID массив. SATA диски исторически первые (когда я ставил винду, были только они). Потом я подключил IDE диск slave к CR-ROM, который master на той же IDE шине (она у меня одна). IDE диск ни в какой массив не входит. »

Вам сложно расписать по человечески? Откуда мне знать что вам у вас там "исторически" первое, а что второе? Сгодится вывод gpart show и atacontrol list.

Только там меню загрузки ОС, а не дисков. Короче говоря по F8 выдается меню загрузки операционных систем из boot.ini »

Вы действительно такой тугой мозгами или издеваетесь??? Причём тут меню винды??? Разговор о бут меню биоса!

Т.е. в любом случае я затру виндузовский загрузчик? »

Мля... жевали-жевали и ничего не поняли. На какой диск укажете установиться загрузчику, на тот и установится. Если там есть уже другой загрузчик, то естественно затрёт. Тип загрузчика (стандартный или с бутменеджером) не играет роли.