[SkyF]

Borzov
на домене 2000 выполняли Adprep.exe из дистрибутивного каталога \i386 Windows Server 2003?
adprep /forestprep: Runs forest upgrade operations.
adprep /domainprep: Runs domain upgrade operations

How to Upgrade Windows 2000 Domain Controllers to Windows Server 2003
подраздел: Overview: Upgrading Windows 2000 Domain Controllers to Windows Server 2003

И еще:

при попытке подключить сервер с WinServer2003 к домену ничего не получилось

Это неправильный вопрос бул изначально - не сервер вы к домену подключали, а поднимали дополнительный контроллер домена на Windows 2003. Это разные вещи..