[Iska]

HKCR/HKLM\SOFTWARE\Classes будут разные? Не уверен. Впрочем, коль Вы планируете ставить — что мешает проверить? И затем:

…делается файл…cmd…отката для ассоциаций»

То есть, если окажется, что разные — в пакетном файле/скрипте можно проверять систему, её тип и сохранять/восстанавливать нужные разделы.

Shpionus, ещё раз подчеркну: надо не просто найти и однократно сделать файл «отката», а при каждой установке на конкретной машине делать свой слепок изменяемых устанавливаемым приложением файловых ассоциаций, а после установки приложения — восстанавливать файловые ассоциации из полученного перед установкой слепка. Иначе может получиться так, что, например, были на машине ассоциации настроены на MPC, а после установки Nero Вы их восстановили под WMP.