[vadblm]

P.S. Не хочется пользоваться командой dump/restore, так как они сохраняют все в один файл-образ. »

И напрасно. Это позволяет минимизировать занимаемое бекапом место, особенно при использовании сжатия и максимально упростить развёртывание. Также даётся 100% гарантия идентичности данных, а также полное сохранение всех прав, ссылок и т.п.

Для копирования информации один-в-один лучше всего подходит rsync - все права и специальные атрибуты также сохраняются. В принципе, эта утилита задумана для удалённой синхронизации файлов, но и локально работать умеет.

На различие показаний df и du не следует обращать внимания, они показывают принципиально разные вещи - df отображает пространство, занимаемое файловой системой (с учётом резерва, с учётом того, что не все файлы помещаются точно в размер кластера и прочий оверхед), du показывает размер файлов и директорий, с ключом -s банально суммируя эти показания.

А может это быть из-за папки .snap? »

У вас снепшоты включены. Понятное дело, они вам для бекапа не нужны, но туповатый cp про это не знает. В отличие от dump.