[A1ive]

Панель управления\Оформление и персонализация\Параметры папок вкладка "Вид". Посмотрите, не установлен ли флажок "Восстанавливать прежние окна папок при входе в систему"? »

Нет, галка убрана

Как определить, является проблема системной или вызвана сторонним приложением или службой »

Удивительно, но перезагрузка в сейфмоде вылечила мазиллу и стим. Теперь при перемещении панели они меняются соответственно.
iTunes же ни в какую. В безопасном режиме окно программы ведет себя как на картинках. 3-й скриншот - попытка закрыть плеер крестом, дальше на нажатие креста не реагировал.

Что происходит с окном если изменять расположение панели (справа, слева, снизу)? »

Теперь при перемещении панели вниз окно уезжает наверх еще на такое же расстояние.