[QRS]

Проблема точно не с 1С, так как 1с-овские процессы всер работают как надо. »

Это высказывание похоже на: "Windows не виснет".


А в целом, напишите, как запускается 1С:сервер - под какой учетной записью, какие у нее права (в какие группы входит).

Косяк начинается на этапе переноса записанных сообщений из кэша на серваке в папку на клиентский комп »

Я не силен в 1С, но не могли бы Вы пояснить: как 1С:Сервер переносит из кеша данные на клиентский ПК? Выкладывает в шару? Выкладывает по расписанию сам или должно быть запущено клиентское приложение 1С? Т.е. интересно какие учетные записи для этого используются (клиентского процесса или серверного).
Может серверный таймер запускает задачу под некорректными учетными данными или под учеткой на терминальном сервере, которая выполнила вход, а вторую сессию создать уже не удается?!! Короче подробности не помешали бы.

периодичность ошибки (ровно полтора часа, с точностью до секунды) »

Первое, что приходит на ум - 90 минутный интервал фонового обновления групповой политики, но не должно оно быть "с точностью до секунды".
Кстати, если руками ничего не нажимать, то дальше обновления будут идти или просто автоматическая отправка стопорится?