Можно найти файлы и директории не принадлежащие rpm-пакетам.
Код:

for f in * ; do echo -n "${f} -- \n" ; rpm -q --queryformat '\t%{NAME}-%{VERSION}-%{RELEASE}\t%{DISTRIBUTION}\n' -f "${f}" ; done
Запускать в интересующих каталогах, /usr/bin, /usr/lib и т. д.