[wolkow70]

А потому что это свинство со стороны программы, не спрашивая писать в реестр сотни записей ассоциаций, когда пользователь ещё не выбрал ни одной ! »

1. Не сотни, а 143..(в HKLM), и не ассоциаций, а классов файлов, пока еще не ассоциированных с самой программой. Я не понимаю, Вам жалко сотни строк в реестре что-ли? Тем более, что они не мешают и как проверено все надежно удаляются при стандартной деинсталляции.
Вот, если избавляться от MSI и полностью перекраивать программу, тогда Ваши предложения есть смысл реализовать.
А так, мне это лично не мешает, а наоборот, освобождает от необходимости прописывать в скрипте множество строк, когда там только форматы задолбаешься перечислять. Мне, даже те строки сопоставлений, которые есть в скрипте, надоело прописывать.
2. MSI я править не буду, для меня важно сохранить все нюансы оригинальной установки (хотя бы в изложении Loginvovchyk) , как бы они не нравились. Потому, что не я разрабатывал эту программу, и не мне ее функционально курочить. Это уже будет варезом Возможно, последняя мысль покажется глупостью..