[Flainth]

Возможно Я что-то не правильно понял, у меня дома , на ноут.буке установлены freebsd и "форточки". С загрузкой обоих спокойно справляется boot manager freebsd. Да "форточки" затирают MBR, но ничто не мешает, после установки "форточек" добавить boot manager freebsd

Попробуйте, проверьте нижеследующее:
Вариант номер 1:
перемычки на жестких дисках (если это IDE).
Вариант номер 2:
настойки BIOS (конкретно - какой винт primary).
Вариант номер 3:
заменить шлейфы заведомо рабочими.

На какой из жёстких дисков ставилась freebsd?