[megaloman]

profcom, У Вас всё верно, но, похоже, болезнь всё та же: мешают лишние конечные пробелы в строках. Главные неприятности в строках

Set FileName=файл.txt
Set FileName2=файл.exe
FOR %%d IN (C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z) DO Call :SetDir %%d:\

Set Dir=%~1

Set FilePath=%~dp1

Я убрал пробелы, батник отработал. В таких случаях делайте Echo on и рассматривайте что содержится в строках при исполнении батника, особенно в именах (путях) файлов - никаких лишних пробелов нигде в путях не должно быть. Будет время, нарисую скрипт, который будет убивать конечные пробелы.