Если отследить Regshot-ом, WinRAR при ассоциации с ZIP кроме того, что есть в WinRAR41.reg, вносит в реестр следущее:
Код:

[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\.zip]
@="WinRAR.ZIP"
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\.zip]
"Content Type"=-
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\.zip\ShellNew]
"FileName"="C:\\Program Files\\WinRAR\\zipnew.dat"
Добавляем это в WinRAR41.reg и всё ОК!
Как оказалось, при экспорте WinRAR-ом настроек в REG-файл, данные из HKEY_LOCAL_MACHINE не привносятся, отчего и проблема в ассоциации с ZIP. Получается, недоработка механизма экспорта в самом архиваторе.