[Sham]

Есть дополнительное разрешение "смена разрешений" у учетных записей для папок (вкладка безопасность - дополнительно ...). Имхо нужно знать учетку (спец. аккаунт в списке, где пользователи, админы и т.д.), используя которую софт должен менять разрешения у файлов/папок. Этой учетке и дать галку "смена разрешений" для папки. И вообще, софт должен сам поддерживать файловые разрешения в Windows, иначе не поможет.