Vadikan, мой скромный вариант (сильно прошу не бить!)
Код:

@echo off
del "c:\urls2.txt"
FOR /F "Tokens=*" %%a IN (c:\urls.txt) DO (
"путь_к\wget.exe" --wait=1 --timeout=3 --tries=2 --spider %%a > c:\temp.txt 2>&1
FOR /F "Tokens=*" %%b IN ('FindStr /I "200 OK" "c:\temp.txt"') DO (
echo %%a >> c:\urls2.txt
)
)
Читает
c:\urls.txt и складывает живые в
c:\urls2.txt.