[cameron]

а оба эти варианта не помешают работе 1С установленной в системный диск(базы хранятся на 2 логич диске), ну а папка юзера на 3м логическом? если я закрою им первый и второй логические диски будет ли стаильно рабодать система и 1С соответственно? »

нет, не помешают.

1)Групповая политика не связана ли с Active Directory. который есть на домене(а у меня как я писал выше не домен) »

это есть и локальных политиках.

2)Безопасность на вкладке не перестанет ли работать система и 1С если я закрою ПРОСМОТР Пользователям удаленного рабочего стола содержимого папки »

траверс папок? скорее всего нет, AFAIK там идёт обращение по полному имени файла. но смысла в этом я не вижу.

но остается cmd например »

запретите cmd.