Прямо заинтересовал.. действительно, попробовал твой прием - на примере добавления ярлыка от IE - добавляется в автозагрузку под правами пользователя и даже не предупреждает.
С другой стороны - открываю папку автозагрузка через проводник - "C:\Documents and Settings\user01\Главное меню\Программы\Автозагрузка" > Свойства > Безопасность > Дополнительно > Добавить и добавляю дополнительную ntfs политику на пользователя user01. Запретить: создание файлов/запись данных и Создание папок/запись данных. Применить "Для этой папки, ее подпапок и файлов".
Теперь пользователь уже ничего не добавит

.. и большое спасибо за предупреждение.