Гадаем…
Вы случайно не про весь диск речь ведёте? Тогда это ошибка в пакетном файле:
Код:

For /r "%disk%\" %%i In (.) Do Set /a cnt+=1
— при отсутствии выделенного символа «for /r» начнёт опрос с текущего каталога диска «с:», который на момент выполнения пакетного файла может отличаться от корневого.
Расскажите про методику «получения результата в файловом диспетчере Total Commander» — я им не пользуюсь.