как вариант - сделать отдельный мини-аддон z-xx, который будет отрабатывать последним, в самом конце интеграции - и будет задавать вопрос (предупреждение), форматировать и копировать. чем меньше конечный пользователь сам будет делать что-то руками, тем меньше он допустит ошибок.
радею, как говорится, не за себя - я вообще категорически против фат32 
P.S. вспомнил работу интегратора и что там после работы с аддонами еще куча долгой работы с файлами.
тогда может сделать дополнительный утиль вида "все-в-одном" ?
