AlexVong, ясно. Значит я неверно Вас понял. Попробуйте так:
Код:

Option Explicit
' Enum IOMode
Const ForReading = 1
Const ForWriting = 2
Const ForAppending = 8
Dim objFSO
Dim objTSIn1
Dim objTSIn2
Dim objTSOut
Set objFSO = WScript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set objTSIn1 = objFSO.OpenTextFile(WScript.Arguments.Item(0), ForReading)
Set objTSIn2 = objFSO.OpenTextFile(WScript.Arguments.Item(1), ForReading)
Set objTSOut = objFSO.OpenTextFile(WScript.Arguments.Item(2), ForWriting, True)
Do Until objTSIn1.AtEndOfStream And objTSIn2.AtEndOfStream
If Not objTSIn1.AtEndOfStream Then
objTSOut.Write objTSIn1.ReadLine
End If
' Если нужно, чтобы строки отделялись друг от друга пробелом
' — раскомментируйте следующую строку
'objTSOut.Write " "
If Not objTSIn2.AtEndOfStream Then
objTSOut.Write objTSIn2.ReadLine
End If
objTSOut.WriteLine
Loop
objTSOut.Close
objTSIn2.Close
objTSIn1.Close
Set objTSOut = Nothing
Set objTSIn2 = Nothing
Set objTSIn1 = Nothing
Set objFSO = Nothing
WScript.Quit 0
Обратите внимание на комментарий «Если нужно, чтобы строки отделялись друг от друга пробелом…» в скрипте.