AlexVong, если без проверок — то примерно так:
Код:

Option Explicit
' Enum IOMode
Const ForReading = 1
Const ForWriting = 2
Const ForAppending = 8
Dim objFSO
Dim objTSIn1
Dim objTSIn2
Dim objTSOut
Set objFSO = WScript.CreateObject("Scripting.FileSystemObject")
Set objTSIn1 = objFSO.OpenTextFile(WScript.Arguments.Item(0), ForReading)
Set objTSIn2 = objFSO.OpenTextFile(WScript.Arguments.Item(1), ForReading)
Set objTSOut = objFSO.OpenTextFile(WScript.Arguments.Item(2), ForWriting, True)
Do Until objTSIn1.AtEndOfStream And objTSIn2.AtEndOfStream
If Not objTSIn1.AtEndOfStream Then
objTSOut.WriteLine objTSIn1.ReadLine
End If
If Not objTSIn2.AtEndOfStream Then
objTSOut.WriteLine objTSIn2.ReadLine
End If
Loop
objTSOut.Close
objTSIn2.Close
objTSIn1.Close
Set objTSOut = Nothing
Set objTSIn2 = Nothing
Set objTSIn1 = Nothing
Set objFSO = Nothing
WScript.Quit 0
Вызов:
Код:

Script.vbs <Путь ко входному файлу 1> <Путь ко входному файлу 2> <Путь к выходному файлу>