[El Scorpio]

Можно ли загрузившись с нее запустить саму ОС? В частности, на компе стоит Windows 9x, грузимся с дискеты, вводим команду примерно: C:\Windows\Win. Должна ли запустится сама операционка? »

По опыту использования Windows 9x, скажу, что в таком случае в процессе загрузки windows выпадет в BSOD.
Причина - файл msdos.sys, содержащий текстовые параметры системы, на дискете создаётся в очень "упрощённой" форме.

Или системная дискета предназначена исключительно для проведения каких-либо работ по восстановлению системы или спасению данных без непосредственного доступа к интерфейсу Windows? »

Именно. Выполнить команду проверки файловой системы, исправить содержимое текстовых конфигов и т.д.
Более того, "спасти" длинные имена файлов не получится - при копировании MS-DOS их обрежет