[cameron]

1. Клиенты заходят под доменным именем, потом при подключение к терминалке снова вводят свои доменные учетные данные. Можно сделать чтоб к терминалке конектились с учетными данными пользователя под которым вошли. »

да, http://blogs.msdn.com/b/rds/archive/...nnections.aspx

2. Можно ли привязать групповую политику не к подразделениям домена, а к группам пользователей, ну или к самим пользователям? »

да ,использовать Security Filtering.

3. Как делать групповые политики которые выполняются только один раз? ... к примеру для установки приложения. »

приложения и так устанавливаются один раз, если не произошло их удаления.
в GPP есть возможность применять один раз, в GP - нет.
что конкретно вам нужно?