[SendMessage]

А не могли бы рассказать принцип действия? »

Принцип действия простой - создается массив команд REN. Ну а они переименовывают.
Теперь то, что у Вас выделено красным:
^ren - символ ^ ставится, чтобы cmd не принял это за команду, а просто как текст.
"%%a" "^>!n!"/" - ну первая часть - просто путь файла с расширением ac3, вторая - идентификатор для будущих действий. Примерно так это выглядит в виде текста:
ren "a.ac3" ">1"/. После второго прохода цикла - ren "a.ac3" ">1"/ren "b.ac3" ">2"/ ну и т.д.
%%arr:^>!n2!=%%~ni.ac3%% - замена счетчика на имя файла с расширением mkv. Где-то так: %%arr:>1=имяMKVфайла.ac3%%
:/=^& - замена символа / на &.
2>nul (%arr:~,-1%) - ну а это, собственно само переименование. 2>nul - не выводить сообщения об ошибках. %arr:~,-1% - массив получившихся команд REN. Без последнего символа. Выглядит примерно так:
ren "a.ac3" "имя1.ac3"&ren "b.ac3" "имя2.ac3"&ren "c.ac3" "имя3.ac3"