[vadblm]

Насколько сильно рушится безопасность после установки Wine? »

Нисколько. Каждое приложение живёт своей отдельной жизнью, да и пускается с юзерскими привилегиями - системе ничем повредить не может.

Будут ли совместимы уязвимости? Ведь всё-таки WinAPI заново писалось »

Когда-то давно читал, как один любопытствующий пробовал пускать под вайном вирусы, они попросту не работали. Может сейчас что-то и изменилось, но вряд ли - вирусы используют дыры родного WinAPI, которых нет у вайна - у него свои дыры и баги, не пересекающиеся, как вы верно заметили, с кодом от Microsoft.

Также как можно запретить запуск программ с других файловых систем, отличные от EXT? »

Читайте man mount на тему опции noexec - глобального запрета исполнения. Тип ФС роли не играет.

UPD Нашёл ту самую старую статью 2005 года о запуске нескольких известных на тот день злобных вирусов - http://www.linux.com/archive/feed/42031