[QRS]

mojed, когда на сервере терминалов запускается на установку приложение, то ОС переходит в режим инсталляции приложения.
В этом режиме ОС контролирует запись в ветку реестра HKCU для текущего (администратора) пользователя. После завершения режима инсталляции, ОС переписывает измененные элементы в ветке реестра HKCU текущего пользователя в HKCU всех остальных профилей (и, вроде в default user).

(видимо так записи баз и попали ко всем пользователям)...

Т.о. для исправление данных по всех пользователям Вы могли бы попробовать перейти в режим установки приложений, исправить под учеткой администратора перечень баз 1С и завершить режим установки... изменения должны "реплицироваться" на все профили.