[Xodok]

Ставил без проблем. Предварительно создал на диске через Acronis Disk Director основной раздел ext3 и своп. При выборе разделов включил "Для опытных пользователей" и указал созданные разделы. На последнем 8-м шаге кнопочкой "дополнительно" указал установку загрузчика на активный раздел USB HDD. Вот и все премудрости. Проверено на Ubuntu и Linux Mint. Вообще-то есть сборки windows для USB HDD.
P.S. Решил предупредить. Линукс на USB HDD работал нормально и все остальное было ОК, но, через некоторое время, посмотрел на диск в Акронисе, а тот показал ошибки в файловой системе. Восстановил на всех разделах NTFS и поставил Ubuntu через wubi.exe не меняя файловую систему (на виртуальные диски).
Лайф Ubuntu с файлом casper-rw (виртуальный диск) запоминает все настройки и работает почти как полноценная ОС.