1. по секундомеру

2. по таймстампам в логе, разве нет? Если не понятно, о чем речь, срочно курить LogFormat и CustomLog.
Мне телепат подсказывает.
cat /var/www/123/data/logs/123.access.log | grep /123/123.php | grep 2011:12:30:27 | wc -l
эта фигня посчитает строки за секунду 2011:12:30:27
можно допилить и сделать парсинг за сутки с созданием итоговой таблички.
или надо реалтайм ежесекундно считать и куда-то записывать? телепат в отключке.