[nsky]

Очевидно Explorer при запуске:
- обновляет ветку User Folders на основе Shell User Folders. Кстати, не всю.
- инициализирует рабочий стол.

Если выполнить за него часть работы, т.е. самому обновить обе ветки, то можно пробовать
обновить среду. Увы, пробовал в свое время
nircmd sysrefresh

Не срабатыватет.

Остается "автоматический перезапуск Explorer в случае ошибки"
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon\AutoRestartShell
и
kill explorer

Либо просто
logoff