[Nun-Nun]

А вы оставте только Fake-Setup Advanced и в его конфиге настройте патчи нужных файлов, а Required-файлах удалите упоминания об z-Dll-Patcher.»

Именно так и делаю.

Если не секрет, то что это за случаи такие?»

Некоторые программы требуют конкретно Fake-Setup Advanced, а не z-Dll-Patcher, некоторые наоборот. Ну, а поскольку авторы этих программ ориентировались именно на Fake-Setup Advanced (или наоборот - на z-Dll-Patcher), то проводить эксперименты, подсовывая им "аналог", вместо того, что нужно, нет ни времени, ни гарантии, что всё пройдёт нормально. Не разбирать же каждую из таких программ по винтикам, только для того, чтобы понять, всё ли пройдёт гладко при такого рода подмене.