[QRS]

Но при установке ОС, инсталлятор не видит диски из первого массива (RAID 1) а предлагает установить ОС на один из шести дисков 2-го массива . »

Значит ОС не опознает контроллер и в дистрибутиве нет родных драйверов.

Проверьте, что у котроллера последняя доступная прошивка (firmware), и что Вы скармливаете инсталлятору драйвера последней версии.

PS: поддержка конкретной ОС заявлена производителем оборудования?

PS2: можно попробовать загрузиться с КД с DOS - обычно BIOS контроллера обеспечивает базовый интерфейс и, как не странно, DOS видит диск и может с ним работать; если DOS увидит RAID1 - значит проблема только в драйверах и\или прошивке.
PS3: на время установки ОС рекомендую отключить второй массив на 6 дисков (чтобы случайно чего не случилось )