УРААААААА! Сам победил.
Надо добавить команду Tokens она определяет сколько строк передавать в тело для выполнения цикла. Звёздочка автоматически присваивает строке переменную которую уже можно использовать в теле. Команду delims= пропустил потому что она и у меня и по умолчанию имеет в параметре табуляцию и пробел. Так что мне она не нужна.
Код:
set sKey=HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
for /f "Tokens=1-2*" %%i in ('reg.exe query "%sKey%" ^| find /i "Megafon"') do (reg.exe delete "%sKey% " /v "%%i %%j" /f >nul)
