[vadblm]

Ну раз ваш потенциальный работодатель предпочитает CentOS, то начинайте с него. Разницы по большому счёту нет, она скорее из разряда идеологии, чем из практичности. Нет ничего, что можно сделать на Debian, но нельзя на CentOS и наоборот, равно как на любом ином полноценном дистрибутиве Linux вроде тех же Slackware или Suse, Gentoo или Arch.

FreeBSD стоит отдельно, это совершенно другая ОС и линуксам даже не отдалённый родственник, хотя так же соответствует принципам POSIX, так что изучив одну unix-подобную ОС вы без особого труда перейдете при необходимости на другую.