[duxa]

1.как реализовать так, что бы при выборе определённой "галочки" после установки был определённый реестр (например, игра с патчем или без и соответственно реестр чуть различный)

Просто привяжи реестр к компонентам. Пример:

Root: HKLM; Subkey: "SOFTWARE\EA GAMES\Need for Speed Most Wanted"; ValueName: "Language"; ValueType: String; ValueData: "Russian"; Components:text\rus;