[McLotos]

Насколько я помню, Windows при установке не трогает другие диски кроме как тот, куда устанавливается ОС. Хотя кривые руки - страшная сила. Ну допустим у Вас есть Systeml Disc C: и Logical Disc D:
Вы берёте перекидываете всё на диск D:, а дальше просто перезагружаетесь, загружаетесь с диска Windows и устанавливаете Вашу систему на C: предварительно его отформатировав в процессе установки.
Диск D: останется нетронутым. Если конечно у вас не какая-нибудь корявая сборка. У меня был такой случай Сборка полностью автоматизирована, и она втупую удаляет все разделы жесткого диска даже не спрашивая пользователя.