[Beyound]

Виндос и любая другая ос без процесса, занявшего файл, никак его не блокирует.
Так что ищите что это за процесс, который занял этот файл. Проверьте - точно ли файл отпускается "программой 1". Попробуйте так - запустите "программу 1" и перед запуском "программы 2" убейте первую руками чтоб следов от нее не осталось. Если файл останется занят, бум думать.. но это врятли.

возможно это влияния работы файловой подсистемы, когда при открытии файла одной программой, другой запрещается работать с ни »

это выглядет как у вас - "программа 1" открыла файл для операций с ним и нет ключа на совместное исп-ие файла (в .net такое вроде есть) или не закрыла работу с ним. До тех пор пока работа не закроется ни одна другая программ, скажем блокнот, его не откроет.