[amel27]

SendMessage, не тот случай, т.к. java.exe запускается не батником

Weterok, отследить активность процесса вкупе со всеми дочерними нетривиальная задача, т.к. это можно реализовать только средствами самой запускающей утилиты, но START и подобные не имеют такой функциональности... однажды приходилось решать подобное в AutoIT - это проще, чем писать свой StartWait.Exe, если есть интерес линк на ветку форума

штатными средствами - ожидание завершения процесса,
но это не панацея, т.к. java.exe может быть запущен и другими программами

Код:

start /wait "" setup.exe
:loop
ping -n 1 127.0.0.1 >nul
tasklist|find /i "java.exe">nul&& goto loop

то же, с использованием NirCmd:

Код:

start /wait "" setup.exe
nircmd waitprocess java.exe