[Morpheus]

Думаю, правильно будет активировать на короткое время при запуске, а "поверх всех окон" - выбор оставить.
Код будет такой?

Код:

GUICtrlSetState($comboreg, 256)
GUISetState()
GUISetState(@SW_RESTORE)
Sleep(200)
WinSetOnTop($GUI, '', 1)
WinSetOnTop($GUI, '', 0)

$TrTop=RegRead('HKCU\Software\JumpRegAzjio', 'Topmost')
If Not @error And $TrTop=1 Then
	WinSetOnTop($GUI, '', 1)
	GUICtrlSetState($Topmost, 1)
EndIf

UPD: Немного подкорректировал первоначальный вариант и потестил. Пока проблем нет.