Ван Рег, как-то так?
Код:

@Echo Off
SetLocal EnableExtensions
Call :CheckFileCount ваша_папка_без_слеша_в_конце
Exit /B
:CheckFileCount
For /F "Delims=" %%I In ('Dir /A-D /B /S "%~1\" 2^>nul ^| Find /V /C ""') Do Set FileCount=%%I
Echo %FileCount% файлов в папке %~1
If %FileCount%==0 (
Echo Удаление %~1
RD /S /Q "%~1"
) Else (
For /F "Delims=" %%I In ('Dir /AD /B "%~1\" 2^>nul') Do Call :CheckFileCount "%~1\%%~I"
)
GoTo :EOF