[Telepuzik]

Этот пользователь может идти в нет, но весь остальной трафик, который не прошел авторизацию, режется. »

Трафик же не прошел авторизацию, значит ISA правильно его не пропустила. Приведите скрин правил которые у Вас есть.

При этом, даже DNS запросы, которы системными правилами isa server-а пропускаются всегда и везде, перестают ходить. »

Где в системной политике Вы нашли правило которое разрешает хождение DNS трафика через ISA сервер, номер правила скажите? Правило разрешающее прохождение DNS запросов необходимо создавать.