[Tonny_Bennet]

Добрые люди помогли разобраться с программой. проблема была в том что это были жёсткие ссылки

max@mail:~$ ls -i ./test
9306353 1292226338.M541220P30122.mail,W=37716,S=37165:2,d
9306353 1292226338.M598265P29618.mail,W=37716,S=37165:2,ST
9306354 1292228430.M563987P30122.mail,W=47115,S=46445:2,ad
9306354 1292228430.M566001P29618.mail,W=47115,S=46445:2,ad
9306355 1292229249.M327689P30122.mail,W=7163,S=6995:2,a
9306355 1292229249.M401242P29618.mail,W=7163,S=6995:2,ST
9306356 1292229840.M667082P30122.mail,W=7942,S=7754:2,a
9306356 1292229840.M746282P29618.mail,W=7942,S=7754:2,ST
9306357 1292232068.M880728P30122.mail,W=3320,S=3247:2,a
9306357 1292232068.M884892P29618.mail,W=3320,S=3247:2,a
9306358 1292235300.M935468P30122.mail,W=18195,S=17890:2,Sd
9306358 1292235300.M968450P952.mail,W=18195,S=17890:2,ST

Нашёл в мануале

-H --hardlinks
normally, when two or more files point to the same disk area
they are treated as non-duplicates; this option will change this
behavior

выполнил max@mail:~$ sudo fdupes -N -d -H -R ./test

получил

9306348 1292220330.M350171P29618.mail,W=59637,S=58699:2,a
9306350 1292220330.M350173P29618.mail,W=67005,S=66082:2,a
9306352 1292220330.M350175P29618.mail,W=20093,S=19789:2,a
9306353 1292226338.M598265P29618.mail,W=37716,S=37165:2,ST
9306354 1292228430.M563987P30122.mail,W=47115,S=46445:2,ad
9306355 1292229249.M401242P29618.mail,W=7163,S=6995:2,ST
9306356 1292229840.M746282P29618.mail,W=7942,S=7754:2,ST
9306357 1292232068.M880728P30122.mail,W=3320,S=3247:2,a
9306358 1292235300.M935468P30122.mail,W=18195,S=17890:2,Sd


Заработало