[monkkey]

что делает сервер пространства имён? »

Что такое пространство имен?
1.

на сервере В останется информация о том »

Нет. Информация сохранится в AD, а администратору надо руками изменить ссылку, изменив в качестве конечной точки А на В (у пользователя ссылка останется прежней, для него ничего не изменится).
2. Конкретнее.
3.

Часть целевых папок - это папки, расположенные на локальных компьютерах с ОС Windows XP »

Какие средства можно использовать »

Перенести на файл-сервер, дальше - стандартно.