[SHeIKer]

Не раз сталкивлся с подобным. Выходил из положения так:

1. Отключал сдохший основной контроллер и проверял, что сеть работает как положено (за исключением некоторых нюансов связанных с хозяевами операций).
2. Используя утилиту ntdsutil захватывал все роли хозяев операций (не помню, как это точно назвается: то ли захватить, то ли присвоить, то ли еще как-то).

Соль в том, что после выполнения захвата ролей оба контроллера будут считать себя хозяевами. Поэтому первый контроллер однозначно переустанавливается причем простого понижения роли с КД до рядового сервера недостаточно.

3. Переставлял первый контроллер и поднимал на нем КД. Далее по желанию: можно передать роли хозяев ему обратно, а можно и оставить их на существующем сервере.