[Amigos]

%HOMEPATH% - это папка текущего пользователя в Documents and Settings? »

да

куда сунуть эти команды? »

в батник, который выполняется после установки.

И нужны ли будут кавычки для каждой строки (команда + путь) или для каждого пути? »

кавычки нужны для чего угодно, где пробел часть имени/пути.
и %ALLUSERSPROFILE% и %HOMEPATH% содержат пробелы, поэтому правильно так:

del /f /q "%HOMEPATH%\Рабочий стол\*.lnk"
del /f /q "%ALLUSERSPROFILE%\Рабочий стол\*.lnk"

команда del это команда интерпретатора CMD , её можно использовать в командной строке и в батниках.
саму по себе нельзя, попробуйте пуск/выполнить del /f /q "%ALLUSERSPROFILE%\Рабочий стол\*.lnk"
скажет что такая программа "del" не найдена

это я на тему

[GuiRunOnce] файла winnt.sif »