[PainteR]

1. Три волшебных кнопки на мой взгляд все таки лучше оставить справа. К ним еще можно привыкнуть, но так как в прогах они справа, а в окнах слева, то ну очень неудобно. »

Это ваше желание не устанавливаете LeftSider и проблема решена.
Не вижу тут проблемы.

Ps Читайте шапку.

2. При щелчке по меню пуск нужно "целится". Я (думаю и многие) обычно не глядя нажимаю пуск ведя курсор "на ощупь" влево вниз до упора и жму. А в темах мак ос меню просто моргает и не нажимается. Я так понимаю нужно расширить зону нажатия кнопки или чего там. (Заметил, что если перетянуть панель вверх то все нормально) »

Все нормально было до этого пакет проверен уже на более чем 10 ПК)
Причем кнопка уже сделана еще со времен первого пакета и притензий не было.

3. В некоторых темах наблюдаются непонятные кнопочки. Они для красоты или выполняют какой то функционал? У меня они получились мертвыми. »

Ну а как вы думаете) Конечно для красоты!
Нет в них функционала.

4. Опять же в некоторых темах в тотале затемняется строка адреса. »

Конкретно указывайте название стилей если вопросы касаются их.

Не разбирался пока где они хранят свои настройки »

Все настройки либо в реестре либо там куда вы пакет установили, а вобще все настройки в программах выставляются.

Или указать путь настроек при установке, или через ключ если тихо ставить. »

Говорю сразу этого не будет.
С этим будет куча "мароки" и дальнейших проблем, так что всю настроено по "оптимальному варианту" при установке.

Ставил на Seven x64 с пакетом уменьшения шрифтов. У вас кстати он применяется? »

Файлы MUI не затрагиваются конечно, НО я против установки поверх пакетов!
Все глюки что возникнут с диалогами - это не ко мне!

Ps По оффтопу мне вообще ответить вам нечего. Понятия не имею что у вас.