[Misha hm]

Где скачать инструкцию по этой программе? »

возможно, есть самопальные справки, но официальная онлайн справка с примерами руководств тут:
http://www.avidemux.org/admWiki/doku.php

Пытаюсь перекодировать на флешку, но расширения нет »

там же это выведено в FAQ:

When I save a file with Avidemux, my player/file manager does not recognize the filename extension Avidemux does not add filename extensions automatically. When you want to save an AVI file called “myvideo”, save it as “myvideo.avi”. If you already saved it as “myvideo”, just rename it to “myvideo.avi” in your file manager. A complete list of the extensions to be used with each output format is available in the Supported output formats section.